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Extensão de Arquivo Iris: Um Novo Formato para Patologia Digital Eficiente

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Um novo artigo disponível no repositório arXiv introduz a "Extensão de Arquivo Iris", um formato binário projetado especificamente para atender à necessidade urgente de transferência e exibição eficiente em tempo real de lâminas em patologia digital. Atualmente, a patologia digital enfrenta um desafio significativo: embora o padrão DICOM seja amplamente aceito para o armazenamento de longo prazo de imagens médicas e metadados associados, suas limitações inerentes no que diz respeito às dimensões máximas das imagens podem impactar a velocidade de recuperação, especialmente ao acessar imagens de lâminas inteiras usando estruturas piramidais em aplicações de visualização.

Com a crescente adoção da patologia digital, intensifica-se a necessidade de um formato de lâmina digital intermediário que priorize o desempenho para uso entre servidores de lâminas e software de gerenciamento de imagens, ou para a transmissão interinstitucional de casos. O formato Iris surge como uma solução para esse problema, propondo um contêiner de arquivo binário agnóstico de fornecedor, explicitamente projetado para sistemas de imagem de lâmina inteira (WSI). Sua estrutura permite abstrair o contorno da estrutura do arquivo na memória para acesso imediato a blocos (tiles) da imagem.

A extensão de arquivo Iris incorpora suporte a compressão moderna, possui uma estrutura dinâmica com recursos opcionais de arquivo e oferece validação profunda de arquivos e recursos de recuperação de corrupção computacionalmente triviais. Além disso, suporta anotações de lâminas. É importante notar que o formato Iris é concebido como um formato de "transporte" temporário, otimizado para acelerar a entrega e visualização de imagens em estações de trabalho locais; ele não pretende substituir o DICOM para armazenamento de longo prazo em arquivos PACS (Picture Archiving and Communication System).

Para facilitar a adoção e integração do formato Iris, os autores disponibilizam a especificação do arquivo abertamente sob uma licença Creative Commons Attribution-No Derivative 4.0 international. Juntamente com a especificação, é fornecido código-fonte para (de)serialização e validação de um fluxo binário, com bindings para linguagens como C++, Python e JavaScript. Implementações completas de codificador e decodificador também são fornecidas como parte de um módulo separado, o Iris Codec Community module, com bindings para C++ e Python, visando facilitar a integração com soluções WSI existentes. Essa iniciativa busca preencher a lacuna de um formato performático e aberto para o manuseio diário de imagens de lâminas inteiras no fluxo de trabalho da patologia digital.

Fonte: https://arxiv.org/pdf/2506.10009

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